מטרת המכון
התלמוד הבבלי הוא אבן היסוד של לימוד התורה בעם ישראל במשך מאות ואלפי שנים. מטרת הלימוד המקורית הייתה לימוד לשם פסיקת הלכה למעשה, אולם עם השנים נהפך התלמוד למקצוע בפני עצמו ובמקומות רבים מקובל ללמוד אותו בשיטת הפלפול שאינה בהכרח מובילה אל המסקנה ההלכתית הלכה למעשה.
הגאון מווילנא התרחק מפלפולים ודבק בדרך הלימוד הישרה של חתירה להבנה אמיתית ופשוטה של כל סוגיה עם השיטות השונות של מפרשיה. מרן הרב אברהם יצחק הכהן קוק זצ"ל ראה עצמו כתלמידו וממשיך דרכו, ועל כן כתב במקומות רבים שיש לחזור לצורת הלימוד המקורית, שמטרתה להוליך בצורה ישירה אל המסקנות ההלכתיות. זאת בניגוד לצורת הלימוד הרווחת בה ישנם שני מקצועות שונים: מקצוע הגמרא בו עוסקים בבירור הסוגיה, אך ללא חתירה לפסיקת ההלכה, ומקצוע ההלכה שבו עוסקים בהוראת הלכה למעשה, אך ללא העמקה ועיון בסוגית הגמרא עצמה ובשיטות המפרשים השונות. מרן הרב קוק זצ"ל ראה במצב זה קלקול, הן בלימוד הגמרא והן בלימוד ההלכה, וראה לנכון לפעול לתיקונו.
לצורך כך הוקם ביוזמת הרב צבי יהודה הכהן קוק זצ"ל מכון הלכה ברורה. מטרת המכון היא להוציא לאור את התלמוד הבבלי באופן שיאפשר ללמוד כל סוגיה בגמרא ביחד עם מסקנותיה להלכה, תוך כדי עיון והבנת שיטות המפרשים בסוגיה עצמה והקשר שבין המקור המופיע בגמרא לבין המסקנה המופיעה בהלכה.
על דף הגמרא מודפס החלק הנקרא: "הלכה ברורה", שבו מובאות ההלכות היוצאות מתוך הסוגיות כלשונם של הרמב"ם והשולחן ערוך. חלק זו כולו נכתב על ידי מרן הרב קוק זצ"ל במשך כעשר שנים, שבהן התמסר למפעל העתקה זה, ונערך לדפוס על ידי חברי המכון.
בסוף כל כרך של גמרא מודפס החלק הנקרא: "בירור הלכה", ובו, לאחר מחקר מקיף של כל סוגיה, שנלמדה לעומקה ולרחבה על ידי חברי המכון, נכתבה בתמצות השתלשלות ההלכה מתוך הסוגיה, דרך הגאונים והראשונים ועד לפסיקה בספרי ההלכה המקובלים. זהו אוצר אנציקלופדי של סיכום שיטות המפרשים והפוסקים. בכל בירור הלכה הושקעו שעות רבות של חיפוש ואיתור המקורות, בירורם וכתיבתם בלשון בהירה, צחה ושווה לכל נפש.