כדי לממש את חזונו, פעל מרן הרב אברהם יצחק הכהן קוק זצ"ל בעצמו, ובמשך שנים רבות כתב בכתב ידו את ההלכות הנובעות מסוגיות הש"ס, כלשונן כפי שהן מופיעות בספר היד החזקה של הרמב"ם ובשולחן ערוך. בעשר שנות חייו האחרונות הוא ערך את ה"הלכה ברורה" על כל התלמוד הבבלי מראשית מסכת ברכות ועד סוף מסכת נידה, ואף כלל בכתיבתו את המשניות של סדרי זרעים וטהרות שאין עליהן תלמוד בבלי, ומטרתו הייתה לעורר את דעתו ותבונתו של לומד הגמרא.

הרב יעקב משה חרל"פ זצ"ל כתב על עבודתו של מרן הרב קוק ב"הלכה ברורה": "והפליא לעשות שמלבד המלאכה הכבירה, ספוג בה הרבה חכמה, שכאשר יזכה העולם לגילוי ש"ס מודפס ומסביבו ההלכה ברורה, או אז ייווכחו על נפלאות העבודה ועד כמה היא נחוצה וכמה היא מביאה תועלת בין בידיעה בין בפתיחת שערים שערי אורה של התורה ההלכתית".

תלמידיו של הרב סיפרו שלפעמים כאשר לא היו ספרי הרמב"ם והשולחן ערוך מצויים לפניו, הוא כתב את ההלכות מזכרונו בעל פה, ולאחר מכן נתן לתלמידיו להשוות את מה שכתב ללשון המקורית של הרמב"ם והמחבר, והם התפעלו והתפלאו לראות שכמעט לא היו שינויי לשון.

דרכו של מרן הרב זצ"ל להביא ב"הלכה ברורה" את לשון הרמב"ם והשולחן ערוך על פי ציוני בעל ה"עין משפט", חוץ מן המקומות שבהם הוא משיג על ציוניו משום טעות סופר, או משום שההלכה המצוינת אינה נלמדת מן הסוגיות הנידונות.

כאשר ההלכה המצוינת נלמדת מסוגיה אחרת, אלא שאגב אורחא ניתן ללמוד ממנה גם את ההלכה מהסוגיה שבה היא נמצאת, העתיק מרן הרב זצ"ל את ההלכה בתוספת הסבר והערה להדגשת העניין.

בציונים רבים הוסיף הרב גם הלכות שונות ואחרות מאלו המצוינות כדי להוסיף ביאור או משום שכיחותן וחשיבותן. הרב הוסיף גם את השגות הראב"ד, ונושאי כלים אחרים לרמב"ם המבארים את מחלוקתם הובאו כדי לזרז את מי שחשקה נפשו לרדת לעומקם של דברים.