לאחר שהציב מרן הרב קוק זצ"ל את החזון של איחוד לימוד הגמרא עם לימוד ההלכה, כפי שהתבאר בתיאור של מטרת המכון, ולאחר שזכה לכתוב בכתב ידו את ה"הלכה ברורה" על כל הש"ס, זכה הרב זצ"ל לייסד את "מכון הארי פישל" לשם מימוש החזון והוצאה לאור של התלמוד עם "הלכה ברורה ובירור הלכה".

 

עבודת ההוצאה לאור של הש"ס עם "הלכה ברורה ובירור הלכה" התחילה עוד בחיי מרן הרב קוק זצ"ל, על ידי צוות נבחר של תלמידי חכמים גדולים, שפעלו מטעם "מכון הארי פישל", בהנהלתו ובהכוונתו של הרב דוב הכהן קוק זצ"ל, שהיה אחיו של מרן הרב קוק.

 

המסכת הראשונה שיצאה לאור על ידם הייתה מסכת ביצה, שזכתה להסכמות נלהבות מגדולי הדור, אולם לאחר מכן לא יצאו מסכתות נוספות על ידי מכון הארי פישל.

 

עם התפתחותה של ישיבת "מרכז הרב" בכמות ובאיכות, קרא ראש הישיבה, הרב צבי יהודה הכהן קוק, לתלמידים לחזור ולפעול לחידוש המפעל של "הלכה ברורה ובירור הלכה".

 

קריאתו זו נענתה על יד קבוצת תלמידים, בראשם עמדו הרב אריה שטרן שליט"א והרב יוחנן פריד שליט"א. התלמידים קבלו את ברכת הדרך של ראש הישיבה, והוא ליווה את הפעילות המחודשת בהתרגשות ובהתלהבות.

 

פעילות המכון החלה בשנת ה'תש"ל, המסכת הראשונה הייתה מסכת סוכה, ועליה כתבו את ה"בירור הלכה" וערכו את ה"הלכה ברורה". זו הייתה התחלה קשה, משום שהיה צריך לגבש את השיטה.

 

מן הראוי להזכיר שלושה גדולי תורה שעמדו לצידנו ביסוד המכון: הגאון הרב שלמה יוסף זווין זצ"ל, הגאון הרב אליעזר רבינוביץ זצ"ל והגאון הרב אברהם שפירא זצ"ל.

 

בפעילות עצמה השתתפו בסך הכל שישה אברכים, שני המייסדים שהוזכרו לעיל, הרב יהושע רוזן שליט"א, הרב משה גנץ שליט"א, הרב נפתלי בר אילן שליט"א והרב אריה הורוביץ שליט"א, במשך השנים הצטרפו תלמידי חכמים רבים.

 

יעמדו על הברכה כל העוסקים במלאכת הקודש ובסייעתא דשמייא, עד השלמת הש"ס כולו.